Valstybinė akreditavimo sveikatos priežiūros veiklai tarnyba prie Sveikatos apsaugos ministerijos (VASPVT) įsteigta 1996 m. vasario 1 d., reorganizavus Respublikinį standartizavimo ir metrologijos centrą. Naujai institucijai buvo pavesta akredituoti sveikatos priežiūros įstaigas, organizuoti medicinos gaminių aprobavimą. 1997 m. akreditavimo procesas buvo pakeistas licencijavimu.
Tarnybos funkcijos plėtėsi – nuo 1998 m. birželio mėnesio ji techniškai aptarnavo Nuolatinę gydytojų medicinos praktikos licencijavimo komisiją prie SAM, o nuo 2002 m. – Nuolatinę slaugos specialistų licencijavimo komisiją prie SAM.
2003 metais pakeisti VASPVT nuostatai. Tarnybai pavesta organizuoti ir vykdyti asmens sveikatos priežiūros įstaigų licencijavimą, akreditavimą ir šių įstaigų laboratorijų atestavimą bei vykdyti jų sąlygų laikymosi priežiūrą, veiklos atitikties galiojantiems teisės aktams vertinimą, techniškai aptarnauti asmens sveikatos priežiūros specialistų licencijavimo komisijas, dalyvauti rengiant sveikatos apsaugos ministro įsakymų projektus dėl fizinių asmenų licencijavimo ir sertifikavimo asmens sveikatos priežiūros veiklai, tvarkyti registrus, registruoti biudžetines sveikatos priežiūros įstaigas, teisės aktų nustatyta tvarka registruoti Lietuvos bei kitų valstybių medicinos prietaisų gamintojų teikimus į rinką medicinos prietaisus bei prižiūrėti Lietuvos medicinos prietaisų gamintojus.
Nuo 2004 metų VASPVT yra medicinos prietaisų atitikties įvertinimo srityje SAM įgaliotoji institucija ir vykdo funkcijas, susijusias su medicinos prietaisų legalumu šalyje, prižiūri medicinos prietaisų rinką bei rūpinasi pacientų sauga medicinos prietaisų naudojimo aspektu.
Nuo 2007 m. sausio 1 d. VASPVT registruoja sveikatos priežiūros specialistus, t.y. medikams suteikia personalinius numerius.
2007 m. sausio pradžioje iš esmės pakeista VASPVT struktūra, nuostatai. Sklandžiam klientų aptarnavimui vieno langelio principu įkurtas Kanceliarijos skyrius. Tais pačiais metais įdiegta ir patvirtinta sertifikatu nauja kokybės vadybos sistema pagal LST EN ISO 9001:2001 standartą.
2007 m. SAM pavedė VASPVT organizuoti sveikatos priežiūros technologijų vertinimą šalyje. 2008 m. kovo mėnesį Tarnyboje veiklą pradėjo Medicinos technologijų ir prietaisų skyrius.
Nuo 2006 m. sausio 1 d. VASPVT iniciatyva panaikintas sveikatos priežiūros įstaigų licencijų periodinis perregistravimas, bet aktyviau prižiūrima, kaip laikomasi licencijos sąlygų - vertinama, kaip sveikatos priežiūros įstaigos laikosi SAM patvirtintų reikalavimų konkrečioms paslaugoms teikti. Nuo 2008 m. kovo mėnesio tai vykdo Įstaigų vertinimo skyrius.
Nuo 2009 m. liepos 1 d. VASPVT pradėjo vykdyti naują funkciją – išduoda licencijas visuomenės sveikatos priežiūros veiklai.
Nuo 2010 m. liepos 1 d. licencijuoja visuomenės sveikatos priežiūros specialistus.
Nuo 2010 m. liepos 1 d. vykdo brangių medicinos prietaisų naudojimo Lietuvoje analizę.
Nuo 2012 m. sausio 1 d. vykdo medicinos prietaisų valdymo funkciją.
Nuo 2012 m. sausio 1 d. Valstybinės medicininio audito inspekcijos funkcijas vykdo VASPVT.
Nuo 2012 m. atliekami inovatyvių sveikatos technologijų, susijusių su medicinos priemonėmis, vertinimai.
Nuo 2013 m. atstovaujama šaliai Europos Komisijos įkurtame sveikatos technologijų vertinimo tinkle „HTA network“.
2013 m. Lietuvos pirmininkavimo ES metu vadovauta ET Farmacijos produktų ir medicinos prietaisų darbo grupei bei suorganizuotas 33-iasis Medicinos prietaisų įgaliotųjų institucijų susitikimas Lietuvoje.
Nuo 2014 m. įsitraukta į jungtinius-tarptautinius sveikatos priežiūros technologijų, susijusių su medicinos priemonėmis, vertinimus.
Nuo 2015 metų vykdomi planiniai konsoliduoti sveikatos priežiūros įstaigų paslaugų kokybės tikrinimai, kuriuos atlieka Paslaugų kokybės priežiūros, Įstaigų vertinimo, Specialistų licencijavimo, Medicinos priemonių priežiūros skyrių atstovai kartu ir vienu metu.
Nuo 2015 m. pradėta kova su neteisėta veikla, pasitelkiant platų tarpinstitucinį bendradarbiavimą.
2015 m. sukurtas Sveikatos priežiūros ir farmacijos specialistų praktikos licencijų registras (LICREG).
2015 m. sukurta Sveikatos priežiūros įstaigų licencijavimo informacinė sistema (SPĮLIS).
2015 m. sukurtas elektroninių paslaugų teikimo portalas https://licencijavimas.vaspvt.gov.lt/
2015 m. sukurta sveikatos priežiūros technologijų (medicinos priemonių) vertinimo ir valdymo Lietuvoje informacinė sistema TechnoMedTas.
Nuo 2016 m. kovo 1 d. pradėta vykdyti savanorišką įstaigų, teikiančių šeimos medicinos paslaugas, akreditavimą pagal iš anksto nustatytus ir paskelbtus Nacionalinius akreditavimo standartus.
2016 m. pradėta veikla projekte Joint Action 3.